(1) izbira opreme.Pri izbiri farmacevtske opreme je nekaj težav, kot so izbira na podlagi izkušenj (brez dejanskega izračuna ali nezadostnega izračuna podatkov), slepo prizadevanje za napredovanje in nezadostno raziskovanje fizičnih podatkov, ki resno vplivajo na izvedljivost in ekonomičnost opreme.

(2) namestitev opreme in usposabljanje.Pri vgradnji farmacevtske opreme se pogosto posveča pozornost poteku gradnje, zanemarja pa se kakovost gradnje, kar vodi v povišanje stroškov vzdrževanja opreme v kasnejšem obdobju.Poleg tega neustrezno usposabljanje osebja za vzdrževanje in obratovanje opreme prav tako predstavlja tveganje za upravljanje in vzdrževanje farmacevtske opreme.

(3) nezadostno vlaganje v upravljanje in vzdrževanje informatizacije.Danes veliko podjetij pripisuje velik pomen upravljanju in vzdrževanju opreme ter vodenju zapisov o vzdrževanju opreme in zapisu osnovnih parametrov ter nekaj opravljenih, vendar nekatere težave še vedno obstajajo, kot je težko zagotoviti podatke o nadaljnjem vzdrževanju, pomanjkanje učinkovitega informacije o specifikacijah farmacevtske opreme, kot so specifikacije, risbe itd., je to nevidno povečalo težave pri upravljanju, vzdrževanju in rekonstrukciji opreme.

(4) sistem upravljanja.Pomanjkanje učinkovitega sistema in metod upravljanja, zaradi česar je upravljanje vzdrževalnega osebja farmacevtske opreme nezadostno, vzdrževalno osebje dela pomanjkanje standardizacije, upravljanje farmacevtske opreme in postopek vzdrževanja pušča varnostne skrite nevarnosti.