(1) izbira opreme. Pri izbiri farmacevtske opreme obstajajo nekatere težave, kot so izbira na podlagi izkušenj (brez dejanskega izračuna ali z nezadostnim izračunom podatkov), slepo sledenje napredku in nezadostna preiskava fizikalnih podatkov, kar resno vpliva na praktičnost in ekonomičnost opreme.

(2) namestitev opreme in usposabljanje. Pri nameščanju farmacevtske opreme se pogosto posveča pozornost napredku gradnje, pri čemer se zanemarja kakovost gradnje, kar vodi do povečanja stroškov vzdrževanja opreme v poznejšem obdobju. Poleg tega neustrezno usposabljanje osebja za vzdrževanje in upravljanje opreme predstavlja tveganje za upravljanje in vzdrževanje farmacevtske opreme.

(3) nezadostne naložbe v upravljanje in vzdrževanje informatizacije. Čeprav danes mnoga podjetja pripisujejo velik pomen upravljanju in vzdrževanju opreme ter vodenju evidenc o vzdrževanju opreme in beleženju osnovnih parametrov, še vedno obstajajo nekatere težave, kot so težave pri zagotavljanju stalnih podatkov o vzdrževanju in pomanjkanje učinkovitih informacij o specifikacijah farmacevtske opreme, kot so specifikacije, risbe itd., kar nevidno povečuje težave pri upravljanju, vzdrževanju in obnovi opreme.

(4) sistem upravljanja. Pomanjkanje učinkovitega sistema in metod upravljanja ima za posledico nezadostno upravljanje vzdrževalnega osebja farmacevtske opreme, pomanjkanje standardizacije dela vzdrževalnega osebja, upravljanje farmacevtske opreme in proces vzdrževanja pa skriva varnostne nevarnosti.